La Cofradía nace en 1926 transformando una antigua cofradía de Gloria, la del Señor de la Buena Muerte, que desde mediados del S. XVIII radicaba en el convento de La Merced y veneraba una portentosa imagen que representaba el momento en el que, tras la flagelación Jesús recoge sus vestiduras, obra que se había traído desde Granada en 1726 y atribuida a José de Mora, por la familia Mírez. Gozaba con Altar privilegiado de difuntos por lo que se le consideraba "ABOGADO de la BUENA MUERTE".
Esta cofradía tenía por finalidad atender al entierro y sufragio de sus hermanos, y celebraba su Fiesta en el mes de mayo. En los años veinte del Siglo pasado se encontraba escasa de apoyos y cofrades, manteniéndose viva gracias a ciertas familias ligadas en el tiempo a sus filas. Fue por ello que un grupo liderado por Manuel Cañones de Quesada decidió reactivarla transformándola en cofradía de Pasión.
Fue entonces cuando se encarga un crucificado al escultor co provinciano Jacinto Higueras Fuentes y, tras vencer algunas resistencias, se radica en la Santa Iglesia Catedral, consiguiendo que el Excmo. Cabildo le facilitase la imagen de Ntra. Sra. de las Angustias, que había llegado a la Catedral procedente del extinguido convento de Carmelitas Descalzos. En 1930 se incorpora una imagen de San Juan, obra del valenciano Francisco de Pablo.
Desde su primera salida procesional en 1.927, la Hermandad aparece como una poderosa palanca que revitalizará la Semana Santa de Jaén, gracias al apoyo conseguido de distintas personalidades, y se presenta una procesión de inusitada belleza, brillantez y se ponen en marcha diferentes iniciativas hasta entonces desconocidas en Jaén. Todo ello da a esta Hermandad un indudable carisma y la revisten de una seriedad y señorío que habrán de caracterizarla desde entonces hasta nuestros días.
Desde 1986 tiene la condición de Hermandad Sacramental.
En 1.985 la Cofradía de la Buena Muerte recibe su nombramiento como Hermandad Sacramental al asumir a la extinta Cofradía Sacramental de la Iglesia de Santa María (Sagrario) de la Santa Iglesia Catedral de Jaén, nuestra Sede Canónica, gracias a la iniciativa conjunta de su Párroco, y entonces también Capellán de la Buena Muerte, el M. I. Sr. D. Manuel Caballero Venzalá (+) y del entonces Hermano Mayor D. Manuel Cañones Rodríguez (+) que tanto se afanaron en ello. Siendo así que la Buena Muere asumía a la más antigua Cofradía Sacramental de la ciudad de Jaén y se constituía en la primera Cofradía pasionista a la que se otorgaba la condición de Sacramental.
Se plasmaban así los desvelos de la Hermandad de la Buena Muerte siempre diligente en la atención al Culto al Stmo. Sacramento en la Catedral y de una forma muy especial en la colaboración con el Cabildo Catedral en la organización de la Procesión del Corpus Christi y en el sostenimiento de la tradicional celebración de la Octava del Corpus.
Desde entonces la Cofradía, que es miembro nato de la Comisión organizadora del Corpus, asume el cuidado, montaje y dirección de la carroza del Stmmo. para la procesión y la Octava, la organización del Pregón de Exaltación al Corpus Christi junto con el Triduo Sacramental en la Catedral, el engalanamiento de las fachadas principal e interior para esta fecha y el volteo de campanas en la víspera.
Por nuestra condición de Hermandad Sacramental de la Catedral nos corresponde portar el palio de respeto para el traslado del Stmmo. el Jueves Santo y en la Procesión y Octava del Corpus tras el cual forma la Hermandad en corporación portando el estandarte Sacramental que perteneció a la primitiva corporación del Sagrario de la S.I. Catedral.